Kolozsvár tanácsa 1544-ben a – a reformáció kezdőlépéseként – a Wittenbergben tanult Heltai Gáspárt, majd Vízaknai Gergelyt alkalmazta lelkészként, illetve iskolamesterként. 1557-ben az országgyűlés a domonkos kolostor épületét átengedte a protestáns iskola számára. A város évszázadokon át – napjainkban is – az oktatásügy kiemelkedő központja. 1895-ben helyezték ide a református teológiát Nagyenyedről, majd 1949-ben jött létre a reformátusok, unitáriusok és evangélikusok lelkészeit képző Protestáns Teológiai Intézet.

Unitárius iskola

Jóllehet az 1560-as évektől Kolozsvár elsőpapja, Dávid Ferenc antitrinitáriussá lett, az „óvári” kollégiumban 1571-ig „háromságos”, azaz nem unitárius tanárok is működtek olyan kiválóságok között, mint Basilius István, Heltai Gáspár, Matthias Vehe-Glirius, Jacobus Paleologus, Enyedi György, Christian Francken, Johann Sommer és a jezsuitából áttért Peter Frieschbier. A tudós rektorok bekapcsolódtak Heltai nagyszabású bib­liakiadási programjába. Az unitárius kollégiumnak partikulái voltak Désen, Nagyenyeden, Marosvásárhelyen, Nagyváradon és Pécsett. 1690 után a főtérről költözni kényszerült az iskola, melynek új épületében tanult a 19. század vezető unitárius értelmisége: Bölöni Farkas Sándor, Kriza János, Berde Áron, Kőváry László, Gyallay Domokos, tanárai közül kiemelkedik Brassai Sámuel.

Református iskola

A város első református iskolája 1608 körül alakulhatott, első írott dokumentuma 1614-ből ismert. Va­­ló­színű, hogy élete utolsó éveiben (1629–1634) Szenczi Molnár Albert is tevékenykedett itt tanárként. 1650 után felépült az iskola Farkas utcai épülete, a tanintézet a mai napig azon a helyen működik. Történetében áttörést hozott Apáczai Csere János, aki a gyulafehérvári iskolával egyenlő, kollégiumi rangra emelte. Híres tanárai és diákjai között találjuk a magyar szellemi élet számos kiváló alakját Áprily Lajostól Bolyai Farkason és Kós Károlyon át Szabó T. Attiláig.

A 16. századi Erdélyben 10-12 olyan iskola létezett, melyek felső tagozatán lelkész- és tanárképzés folyhatott. Bethlen Gábor 1620-ban fejedelmi székhelyén alapított kollégiumot, melynek akadémiává fejlesztéséről 1622-ben döntött az országgyűlés. Az iskola első vezetője a neves német költő, Martin Opitz volt, az ún. második tanári kar 1629-ben érkezett Fehérvárra: az európai hírű Johann Heinrich Alsted, Johann Heinrich Bisterfeld és Ludwig Philipp Piscator. Apáczai Csere János, a kollégium első magyar professzora Bisterfeld tanítványa, majd munkatársa volt. Két jelentős tankönyve jelent meg: a Magyar logikácska (1654) és a Magyar enciklopédia (1655). Bisterfeld halála után II. Rákóczi György Isaac Basire hittudóst, a kivégzett angol király udvari papját bízta meg az intézet irányításával. Apáczainak távoznia kellett, 1656-ban a kolozsvári iskola élére került, amely ezáltal kollégiumi rangra emelkedett.

„Visszatartott nyugattól és északtól […] amikor Lorántffy Zsuzsanna a pataki gimnáziumot, amely […] Magyarország igazhitű iskolái közt az első, nagyobbá és jobbá akarván átformálni […] méltóztatott kegyesen meghívni.” (Comenius)

Johannes Amos Comenius 1650-ben Lorántffy Zsuzsanna és Rákóczi Zsigmond meghívására érkezett Sárospatakra. Munkáját az alapoktól kezdte: újjáalkotta a mindennapok rendjét, új tantervet dolgozott ki az iskola első három osztálya számára és tankönyvekkel is ellátta ezeket. Sárospataki működésének ideje alatt az iskolai élet részévé vált a példákra és beszédgyakorlatokra épülő nyelvtanítás, a szemléltetés és a színjátszás is. Pedagógiai módszerei egész Európában elterjedtek.

1592-ben született, feltételezhetően a morvaországi Nivicében. Korán árvaságra jutva neveltetéséről hittársai, a Morva Testvérek gondoskodtak. Heidelbergi egyetemi évei után Fulnek városának lett lelkésze, később ugyanitt a gyülekezet iskoláját vezette. 1640-ben már európai hírű pedagógus, 1641-ben Angliában, majd Svédországban vett részt az oktatási rendszer reformjában. 1650 és 1654 között a Sárospataki Kollégium átalakításán dolgozott. 1654-ben visszatért Lengyelországba, majd élete hátralévő részét Németországban és Hollandiában töltötte

1660-ban a török elfoglalta Váradot. Az ottani diákság Martonfalvi Tóth György professzor vezetésével Debrecenben talált új otthonra, a két iskola összeolvadásával vált a cívisváros kollégiuma országos jelentőségűvé. A híres puritán professzor és tanítványai (Lisznyai Kovács Pál, Szi­lágyi Tönkő Márton) határozták meg az oktatás minőségét a század végéig.

A század jeles tanárai közül az Utrechtben doktorált bibliafordító, Komáromi Csipkés György alkotta meg (a wittenbergi törvény és angliai tapasztalatai alapján) az első ismert iskolai törvényeket 1657-ben. Descartes eszméinek első hazai említése szintén az ő Judiciaria Astrologia… c. tudomány-népszerűsítő művében bukkant föl 1665-ben. Tanártársa, Szilágyi Tönkő Márton is Descartes alapján tanította a fizikát. Tankönyvében a fizika klasszikus ágazatai (pl. a hőtan, a mágnesesség, a mozgások és az elektromosság) szerepeltek. Ekkoriban a filozófia részeként oktatták a növény- és állattant, illetve az ásványtant is. Tönkő Márton püspökké választása után már ortodox ellenfelei sem támadhatták a „módszeres kételkedést”, így Descartes hazai követői néhány evangélikus tudós kivételével református teológusok voltak.